年末調整で株の譲渡益は書く？特定口座と所得見積

株を売って利益が出た年に、会社の基礎控除申告書へその金額を書くのか迷うことがあります。証券会社で税金が引かれていても、年末調整との関係や、売却代金と所得の違いまでは分かりにくいものです。まず口座の種類と源泉徴収の有無を確認しましょう。

源泉徴収ありの特定口座の上場株式等の譲渡所得で、申告しないことを選択したものは合計所得金額に含めません。一方、確定申告する場合は合計所得への算入を確認します。特定口座という名前だけで、全員が記入不要になるわけではありません。

この記事では2026年分を確認するために、口座別の扱い、譲渡所得の計算、損益通算のため申告するときの注意を整理します。年間取引報告書などを手元に置き、給与の年末調整と株式の申告を分けて考えると、会社へ伝える所得見積りを確認しやすくなります。

株の譲渡益は給与の年末調整と分けて確認

会社が株の税を年調で精算するわけではない

給与の年末調整は、会社が給与について源泉徴収した税額などを年間の税額と照合する手続きです。会社の書類へ株の所得見積りを記入しても、株式の譲渡に関する税額を会社がすべて精算することにはなりません。

基礎控除などでは本人の合計所得金額を確認するため、給与以外の所得も関係します。「給与の年末調整で課税を精算する対象」と「控除の適用を判定する所得」は、役割を分けて捉えてください。本人の確定申告の要否は別に検討します。

所得見積は口座と申告の扱いで異なる

国税庁の令和8年分の合計所得金額の計算資料では、源泉徴収選択口座内の上場株式等の譲渡所得等で申告しないことを選択したものは、合計所得金額に含まないとされています。

同じ金額の利益でも、口座や申告の選択が違えば、控除判定での扱いを確認する必要があります。取引アプリに表示された利益を、そのまま全額書く、あるいは一切書かないという判断をする前に、どの口座の取引かを特定しましょう。

特定口座の源泉徴収あり・なしを確認

源泉徴収あり口座の申告不要選択

国税庁の特定口座制度の説明によると、源泉徴収口座内の譲渡所得等は、口座ごとに確定申告をしないことを選択できます。「特定口座」は一種類の税務処理を指すわけではなく、源泉徴収あり・なしの違いがあります。

証券会社が複数ある場合は、一つの口座の設定をほかの口座にも当てはめないようにします。年末調整へ出す見積りの根拠として、会社名、口座区分、源泉徴収の有無、予定する申告方法を一覧にすると確認漏れを防げます。

損益通算などで申告する場合

他の証券会社の口座との損益通算などを行うためには、確定申告が必要となる場合があります。源泉徴収あり口座でも申告を選ぶなら、申告不要を選んだ場合と同じ合計所得になると決めつけないでください。

還付が見込まれるという理由だけで、全体として必ず有利になるとは限りません。合計所得金額に連動する控除なども関係するため、申告前に影響を確認します。会社へ見積りを提出した後に申告方針を変更した場合は、控除判定に影響するかも照合しましょう。

譲渡所得は売却代金と同じではない

取得費や手数料を反映

国税庁の株式等を譲渡したときの課税の説明では、譲渡価額から取得費や委託手数料等を差し引いて所得を計算します。株を売った代金の総額と、税務上の利益は別の金額です。

例えば売却代金だけを銀行口座の入金記録から拾うと、取得費の反映が抜けるおそれがあります。取引報告書や年間取引報告書を確認し、何を売却し、どの取得費や手数料が計算へ反映されているのかを確認してください。取得費が不明な取引は推測で埋めず、資料を揃えて相談します。

合計所得は繰越控除前なども確認

株式の譲渡所得には上場株式等と一般株式等の区分があり、いずれも給与と同じ計算へ単純に混ぜるものではありません。所得区分や損失の取扱いを、口座画面のプラス・マイナスだけで判断しないことが重要です。

合計所得金額は、損失の繰越控除を適用する前の金額で確認する点にも注意します。確定申告の最終的な課税所得が少なくなったとしても、基礎控除等の判定に使う合計所得が同じように減るとは限りません。対象年の国税庁の計算資料へ戻って照合してください。

書く前の資料と確認先

年間取引報告書など年分資料を揃える

2026年分を確認するなら、2026年の取引についての資料を使います。提出時に年間の正式な資料がまだない場合は、その時点の実績と年内の見込みを分け、どの資料で見積もったかを残しておきましょう。前年の年間取引報告書を今年の金額として転記しないようにします。

会社へは、対象となる所得の見積りと、判断に迷っている項目を伝えます。証券会社には口座区分や取引資料、税務署などには所得計算や申告の扱いというように、確認内容を分けると話を整理しやすくなります。

年間取引報告書が届いたら、年末に使った見積りと実際の所得を比較します。差額がある場合は金額だけでなく、申告不要を選ぶかどうかも変わっていないか確認し、控除の区分に影響するときは会社の修正手順や本人申告での対応を相談してください。

扶養や保険料への影響も確認

株の申告によって所得の扱いが変わると、本人や家族の控除判定、所得に連動する制度にも影響することがあります。税の扶養と健康保険等の扶養は同じ制度ではありません。関係する制度の窓口へ、それぞれの判定方法を確認してください。

まず口座の源泉徴収の有無を確かめ、申告するかを整理し、売却代金ではなく計算後の所得で見積もることが基本です。会社書類の提出と本人の確定申告を別々の確認事項として管理すると、手続きが済んだと思い込むことを防げます。

情報確認日：2026年11月5日。2026年分の資料を基にした一般的な整理です。個別の申告選択は税務署等で確認してください。