年末調整と確定申告は両方する？必要なケース

医療費控除などで確定申告をする予定があると、会社の年末調整は断ってよいのか、両方すると二重に税金がかかるのか気になることがあります。年末調整を受けた後に、確定申告を行うケースはあります。会社が給与の税額を精算する手続きと、本人が所得全体や追加の控除を申告する手続きは、役割が異なるためです。

確定申告では、年末調整済みの給与や源泉徴収税額も反映して計算します。給与だけを申告から外すものではありません。また、自分で申告する予定があるという理由だけで、会社の年末調整の法的な対象から自由に外れるわけでもありません。会社書類と本人申告を別に準備する必要があります。

両方行う主なケース、申告義務と任意の還付申告の違い、年末調整を受ける条件、申告時に揃える資料を整理します。会社へ何を提出し、本人が何を申告するかを把握すれば、控除や源泉税の漏れ、反映済み控除の二重加算を防ぎやすくなります。

年末調整後に確定申告するケースはある

会社が給与税を精算する年末調整

年末調整は、勤務先が年間の給与、源泉徴収した税額、各種控除などを確認して、給与についての所得税等を精算する手続きです。国税庁の年末調整の対象者の説明で、申告書の提出や在職状況、対象外の条件を確認できます。

会社での精算は、その人のすべての所得や控除を無条件に処理するものではありません。給与以外の所得がある人や、会社の年末調整では扱わない控除を受ける人は、本人の申告についても確認する必要があります。

本人が所得全体と追加控除を申告

確定申告では、対象年の所得と必要な控除、すでに源泉徴収された税額などを反映して税額を計算します。年末調整を受けた給与も、申告する所得の一部として確認します。会社で一度計算したから給与は除外する、というものではありません。

源泉徴収税額を正しく反映するため、両方の手続きを行うことが、単純に同じ給与へ税金を二重に払うことを意味するわけではありません。ただし、給与や税額を誤って重複入力したり、源泉徴収税額を落としたりすれば計算がずれるため、資料の照合は必要です。

確定申告が必要・還付を受けられる主な例

副所得や給与額で申告義務がある場合

国税庁の給与所得者で確定申告が必要な人の説明では、給与収入が2,000万円を超える場合や、一定の給与所得者で給与・退職所得以外の所得が20万円を超える場合などの条件が示されています。

これらは前提条件を含めて確認する必要があります。二か所の給与がある場合や、給与以外の所得の種類によっても確認事項が異なります。「会社で年末調整済みだから申告不要」と一括りにせず、本人の所得全体を整理してください。

医療費や住宅初年度などで還付申告する場合

申告義務がない人でも、医療費控除などを適用すると納め過ぎの所得税が生じる場合は、還付申告を検討できます。住宅ローン控除の初年度など、確定申告で手続きするケースもあります。国税庁の還付申告の案内で対象例を確認してください。

控除を追加すれば必ずお金が返るとは限りません。源泉徴収された税額や他の控除によって結果は変わります。控除のための支出額が、そのまま現金で戻るという意味でもありません。申告義務がある場合と、任意に還付を受ける場合を分けて確認しましょう。

自分で申告するから年末調整しないと決めてよいか

申告予定だけで会社年調の対象外にはならない

年末調整の対象条件に当てはまる人が、本人の希望だけで「確定申告するので年末調整は不要」と自由に選べる制度ではありません。会社から求められた申告書を、本人申告の予定があるという理由だけで出さないと判断しないでください。

対象になるか疑問がある場合は、給与担当者へ在職状況、給与額、申告書の提出状況を伝えて確認します。会社の年末調整で受けられる控除と、本人の確定申告で追加する控除を分ければ、どちらの手続きも準備しやすくなります。

会社書類と本人申告を別に準備

会社には、年末調整で必要な本人・家族の情報や控除証明書などを、会社の期限と方法に従って提出します。本人の確定申告に使う資料も保管し、年末調整で何が反映されたかを確認できるようにしておきます。

申告に必要だからといって、会社が求める証明書の提出を自己判断で止めないでください。原本、写し、電子データの取扱いは、勤務先と申告方法の案内で確認します。紙と電子が混在している場合も、同じ控除を別の支払いとして重ねないよう管理しましょう。

両方行うときの資料と注意点

年調済給与も確定申告に含める

確定申告を作成するときは、年末調整済み給与の源泉徴収票を確認し、給与の金額、源泉徴収税額、控除の内容などを反映します。給与以外の所得だけを入力して、給与を省いたまま申告を終えないようにしてください。

複数の勤務先の源泉徴収票がある場合は、前職分が今の勤務先の年末調整へ含まれているかなど、集計範囲を確認します。別々の書類の金額をそのまま合計すると、同じ給与を二度数えるおそれもあります。記載内容が分からなければ勤務先へ確認しましょう。

源泉徴収票と追加控除資料を揃える

年末調整で反映済みの控除と、確定申告で追加する控除を分けて整理します。源泉徴収票に載っている社会保険料や保険料控除などを、同じ支払いについてもう一度上乗せすることは避けてください。控除証明書と会社の処理内容を照合します。

申告義務、追加したい控除、必要な資料、提出期限を一覧にすると準備を進めやすくなります。確定申告の期限と会社の年末調整の締切は別です。対象年の公式案内を使い、迷う部分は税務署等へ確認してください。

年末調整と確定申告は、どちらか一方を必ず選ぶ二択ではありません。会社での給与の精算を踏まえ、本人の所得や追加控除に応じて申告するという関係を押さえることが、漏れや重複の防止につながります。

情報確認日：2026年11月5日。2026年分を中心にした説明です。個別の申告要否や期限は対象年の国税庁資料と税務署等で確認してください。